肛瘺的治療原則是手術為主，因為只有進行手術，才能找到原發的內口，并把感染的肛竇、肛門腺及其導管切除干凈，這是肛瘺治療的關鍵。
1、 瘺管切開術：
是將瘺管全部切開開放.靠肉芽組織生長使傷口愈合的方法。適用于低位肛瘺，因瘺管在外括約肌深部以下。切刀開后只損傷外括約肌皮下部和淺部，不會出現術后肛門失禁。 手術在骶管麻醉或局麻下進行。
提醒：手術的切除往往不夠徹底，容易造成手術失敗或復發。如果切除范圍過大，組織損傷較多、易引起肛門畸形、狹窄，有時將未纖維化的恥骨肌切斷，則就不可避免地會產生肛門失禁，給病人帶來很大痛苦。
2、 掛線療法：
是利用橡皮筋或有腐蝕作用的藥線的機械性壓迫作用，緩慢切開肛瘺的方法。適用于距肛門3—5cm內，有內外口低位或高位單純性肛瘺，或作為復雜性肛瘺切開、切除的輔助治療。被結扎肌肉組織發生血運障礙，逐漸壞死、斷開，但因為炎癥反應引起的纖維化使切斷的肌肉與周圍組織粘連.肌肉不會收縮過多且逐漸愈合、從而可防止被切斷的肛管直腸環回縮引起的肛門失禁。手術在骶管麻醉或局麻下進行。
提醒：治療時間長,病人痛苦大。
3、冷凍治肛瘺法：
麻醉下先用刮匙從外口適當搔刮瘺管，再用探針探入，確定瘺管的方向和走行，拔出探頭，選擇相似形狀的冷凍探頭(彎曲程度不同的紫銅管，直徑2毫米左右)作接觸法冷凍，持續冷凍3分鐘，使整個管道成白色冰棒，待自然復溫后拔出探頭，外涂消炎止痛軟膏。
提醒：術后有客觀要求，需要坐浴、換藥。
4、電療治肛瘺法
運用現代肛瘺電療儀的高溫物理技術治療，利用電弧放電產生高溫，對局部組織進行燒灼，以切開肛瘺達到治療目的。適用于低位肛瘺的治療。麻醉下用探針搞清瘺管內外口及走行，用電療儀沿探針依次切開肛瘺管壁，暴露創面，外敷燙傷膏。
提醒：這種方法僅適用于矮位肛瘺的治療。
5、改良式瘺管切除術：
改良式瘺管切除術：利用直腸纖維鏡進入到肛門里面,通過監視器,直接對內口進行微創電凝,使肛瘺的內口干結閉合,然后洗干凈瘺管里面的膿液,這樣大便后,糞便里面的細菌和糞水無法進入周圍的組織,由此阻斷感染源頭及痛感,使之痊愈。
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它是利用直腸纖維鏡進入到肛門里面,通過監視器,直接對內口進行微創電凝,使肛瘺的內口干結閉合,然后洗干凈瘺管里面的膿液,這樣大便后,糞便里面的細菌和糞水無法進入周圍的組織,由此阻斷感染源頭及痛感，使之痊愈。此類手術在國際處于先進水平。
介紹：采用數字化視覺精確定位肛瘺病灶，輔助手術順利進行;住院時間短，術后傷口恢復快、不影響肛門正常功能;手術過程中對病灶局部或完全麻醉，患者痛苦小;通過觀察及隨訪過程中發現病灶并發癥的概率極低;手術整個過程在電腦精密控制，術中、術后微創、安全、可靠，已使萬千患者成功恢復健康。
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